Efter att folkskoleförordningen i Finland trätt i kraft år 1866, fick också Åbo sin första folkskola i hyrda utrymmen vid det dåvarande Alexandertorget (Salutorget). Så småningom blev det dock klart att Åbo måste bygga nya utrymmen för det allt större elevantalet. Först hyrde man utrymmen vid hörnet av dåvarande Arsenigatan (nuv. Nylandsgatan) och Arsenitvärgatan (nuv. Sirkkalagatan). Dessa gator hade för övrigt fått sina namn efter den ryska generalguvernören i Finland, Arseni Zakrevskij, som hjälpt till att få Åbo återuppbyggt efter den förödande branden år 1827. År 1882 köper sålunda staden tomten vid nuvarande Sirkkalagatan 20, som ligger i kvarteret Pomona enligt Engels stadsplan från år 1830.

Namnet Pomona härstammar från den äppelträdgård som förut fanns på den nuvarande skoltomten. När staden hade köpt tomten, så bad dåvarande direktionsordförande Rönnbäck att stadsarkitekt C.J.F. von Heideken skulle göra upp en kostnadskalkyl och ritningar för den kommande skolan.

Kort historik om Sirkkala skola. Enligt von Heideken skulle en skola av trä komma att kosta 54500 mk och en skola av sten 75000 mk. Fullmäktige godkände planerna för en skola av trä med "överlägsen och odisputabel majoritet" . Den 13 september år 1884 invigdes skolan av skolinspektör Berner. Skolan var den första folkskolan på östra sidan av Aura å, ock kom till slut att kosta 52625 mk. Skolan bestod av två byggnader. I den ena fanns det 4 klassrum, en bostad med 2 rum och kök för en lärare och 1 rum för en vaktmästare. Det andra huset bestod av 3 klassrum.

I början hette skolan endast "Femte svenska elementarskolan", och fick först på 1920 – talet sitt nuvarande namn, Sirkkala skola. Varifrån kom då det namnet? Jo, efter att Finland blivit självständigt år 1917, ville man snabbt göra sig av med de ryska namnen. Någonstans på dåvarande Arsenigatan fanns en obetydlig gård som kallades för Sirkkala, och Åbo-borna beslöt snabbt att ändra gatans namn till Sirkkalagatan. Sirkkala skola har inte alltid varit en svensk skola. I början hade skolan både svenska och finska elever. Dessutom var eleverna så många att man fick gå i olika turer. Den första gruppen gick i skolan mellan 8 –12, och den andra mellan 12 – 16. En tid var de svenskspråkiga helt borta från själva skolbyggnaden ( 1909-28 vid Observatorieg. 5 ), men från och med 1950-talet har de allra flesta eleverna varit svenskspråkiga med vissa små undantag. År 1955 fick Sirkkala skola sitt tredje skolhus, där det också fanns en gymnastiksal och en matsal. Åren 1957 0ch 1981 gjordes det renoveringar vid skolan, och sedan 1985 håller några klasser från Sirkkala skola till i Katedralskolans utrymmen p.g.a. utrymmesbrist. År 1998 fick skolan en datorsal och ett bibliotek i den gamla byggnaden mot Österlånggatan, och där fungerar också Sirkkalabackens skola.

Det nya huset Pomona invigdes i maj 2002. Huset inrymmer en ny matsal, gymnastiksal och 4 klassrum.

Fr. o. m. hösten 2002 har skolan haft en förskola som första året var inhyst i ett av skolans klassrum. Efter att eleverna i förskolan arbetade några år i en barack på övre skolgården arbetar de nu i ett eget hus på granngården bredvid skolan. Hösten 2007 började S:t Karins eleverna i en egen klass i Littois allaktivitetshus. Efter två år i Littois flyttade S:t Karins enheten i samband med Hovirinnan koulu där de för tillfället arbetar.